פעילותו החשאית של אלי כהן ז"ל כרב המרגלים הישראלי בסוריה, התרחשה באחת התקופות החמורות ביותר בתולדות הסכסוך הסורי-ישראלי והערבי-ישראלי.
תקופה זו התאפיינה בגישות קיצוניות תוקפניות של סוריה כלפי ישראל - מילוליות ומעשיות כאחת - ואלה הוליכו למלחמת ששת הימים ולניצחון הגדול של צה"ל על סוריה, מצרים וירדן כפי הנראה, לניצחון זה סייע המרגל אלי כהן, שהיה בשנים אלה מקורב לצמרת השלטון בדמשק, והעביר לישראל ידיעות והערכות חשובות על המערך הצבאי והלוגיסטי של הצבא הסורי על היחסים הצבאיים והפוליטיים בין סוריה ומצרים, ועל המאבקים הפנימיים בין ראשי משטר הבעת' בסוריה.

אלי כהן נמנה עם קבוצה נבחרת ואיכותית של ישראלים אשר קידשו בחייהם את קיומה של מדינת ישראל ואת ביצור בטחונה. המידע שהעביר היה משמעותי, אמין וחיוני והידיעות שסיפק כללו את כל תחומי החיים בסוריה. אלי כהן סיפק מידע על מינוי שרים ובעלי תפקידים בממשלה, ואף על תוכן ישיבות ממשלה וכל מה שקשור בחיים הפוליטיים בסוריה.
ניתן לראות כי תרומתו של אלי כהן לביטחון מדינת ישראל בשנים בהן פעל כמרגל בסוריה הייתה רבה מאוד ומשמעותית. היו אף שתיארו אותו בתקופה זו כעיניים ואוזניים" של מדינת ישראל. בזכות המידע המדויק והאמין שהצליח להעביר לקברניטי מדינת ישראל, יכלה ממשלת ישראל לדעת בדיוק מה מתרחש בצמרת המדינית והצבאית בסוריה. הודות לכך נתקבלו החלטות נכונות וננקטו האמצעים המתאימים.

לוי אשכול ראש-ממשלת ישראל בעת ההיא. אמר כי מעשיו של אלי כהן חסכו למדינת ישראל חטיבות רבות של חיילים, והמידע שהביא לפני מלחמת ששת הימים היה מידע שלא יסולא מפז, והביא לניצחון הגדול במלחמת ששת הימים". בשל פועלו וההצלחה הרבה בתפקידו נטען כי אלי כהן היה הסוכן המוצלח ביותר של המוסד. בעטים בהן פעל בסוריה היה למרגל החשוב ביותר שהיה למדינת ישראל.

דומה ולא ניתן לתאר אחרת את התחושה שחוו הסורים על בשרם כתוצאה מחשיפת מרגל ציוני בקרבם, אדם שהיה בן בית בקרב חוגי השלטון והציבור הסוריים. ייתכן כי אחת הסיבות שבעטיין אין סוריה מוכנה להחזיר את גופתו של אלי כהן למדינת ישראל, היא אותה תחושת ההשפלה הצורבת אותה חשו ואותה הפליאו לבטא בכרוז הנ"ל.

אלי כהן סיכן את חייו למען קיומו של עם ישראל במדינתו הריבונית. הוצאתו להורג של אלי כהן לא צריכה לסמל בעבורנו יום אבל בלבד, אלא גם של גאווה באלי כהן ובדומיו, אשר מסרו את נפשם, למען תחיית עמנו בכדי להראות את כנת כוונותיו של אלי כהן ניתן לציין
כי במהלך המשפט, הטיח השופט באלי כהן ובסייעניו שעזרו לו במשימתו בנעימה של בוז "אתם הבוגדים" אלי כהן השיב בקול רם וצלול: "אני לא בוגד אני שליח." 

גיסו של אלי כהן הסופר סמי מיכאל (אחיה של נדיה, אלמנתו של אלי מספר כי אלי כהן הוא גדול הסוכנים הישראלים הידועים, אשר מעלליו הזינו ועודם מזינים את דמיונם של אנשים רבים. הוא היה גיבור שמסר את נפשו בשירות מדינתו, והעם חב לזכרו חוב גדול על תרומתו לביטחון.

* מתוך עבודת מחקר של יובל רביד שהוגשה לפרופסור אייל זיסר - החוג למזרח התיכון אוניברסיטת תל אביב